Immerso tra boschi, vigneti e oliveti della campagna toscana, Trequanda sorge a 462 metri di altitudine e vanta origini molto antiche. I primi insediamenti risalgono agli Etruschi, come testimoniano reperti archeologici e numerosi toponimi del territorio. L′origine del nome "Trequanda" è ancora oggi incerta e nel tempo ha dato vita a diverse ipotesi. Si pensa possa derivare da Tarkonte (o Tarkun), il mitico eroe etrusco fondatore della zona; o dall′espressione "terram quandam", che significa "una certa terra" o "una terra particolare/isolata". Alcune tradizioni sostengono che il nome ricordi una tregua firmata in passato tra eserciti rivali nei pressi del paese.
Nel Medioevo il borgo fu governato prima dai Cacciaconti della Berardenga e successivamente dai Cacciaconti della Scialenga. Dal XIII secolo la sua storia si intrecciò con quella della Repubblica di Siena, fino a entrare definitivamente sotto il dominio senese nel 1309. Dal 1552 fece parte del Granducato di Toscana.
Oggi il Comune di Trequanda comprende anche i suggestivi borghi medievali di Castelmuzio e Petroio, che conservano intatto il fascino della loro storia attraverso vicoli, chiese e palazzi di grande valore storico e architettonico.